Археологические находки указывают на то, что остров был заселен ещё в каменном веке. По всему острову сохранились курганы и камни для жертвоприношений.

Остров и расположенные на нём остатки храма Аркона являются предметом исследований, в том числе, немецких археологов. Остров связывается с местопребыванием племени ругиев или руянов. До XIV века остров был несколько крупнее, чем сейчас: картограф Герард Меркатор писал в своей «Картографии»: «Остров [Рюген] в древние лета многим просторнее был неже ныне, Божиею волею промыла вода сквозь тот остров».